Nature опубликовал модель Virtual Tissues, объединяющую данные пространственной протеомики разных масштабов
Материал подготовлен искусственным интеллектом на основе нескольких источников — ссылки на оригиналы приведены ниже.
Исследователи представили универсальную фундаментальную модель для пространственной протеомики Virtual Tissues (VirTues) в журнале Nature. Модель объединяет данные визуализации белков с различных платформ и типов рака, позволяя открывать надёжные биомаркеры и стратифицировать пациентов. Разработка решает проблему фрагментации данных из-за нестандартных панелей антител и протоколов.
Фундаментальная модель VirTues
Virtual Tissues (VirTues) — это маркер-ориентированная мультимасштабная фундаментальная модель, которая обучается представлениям белков, клеток, ниш и тканей напрямую из мультиплексных изображений. Она поддерживает такие задачи, как реконструкция маркеров, сегментация и типирование клеток, аннотирование ниш и поиск пространственных биомаркеров. Ключевая особенность — возможность аннотирования в нулевом выстреле на гетерогенных панелях антител и наборах данных, что недоступно обычным кодировщикам, предполагающим фиксированный набор маркеров. Модель предобучена на корпусе изображений из различных онкологических когорт, однако точное количество обучающих образцов не раскрывается. В тестах биомаркеры, полученные с помощью VirTues, предсказали ответ на химиоиммунотерапию анти-PD-L1 и стратифицировали выживаемость без прогрессирования при тройном негативном раке молочной железы, превзойдя существующие клинические схемы стратификации.
Клиническая валидация на тройном негативном раке молочной железы
Команда оценила VirTues на данных пациентов с тройным негативным раком молочной железы. Биомаркеры модели предсказали ответ на химиоиммунотерапию анти-PD-L1 в одной когорте и стратифицировали выживаемость без прогрессирования в независимой когорте. По сравнению с текущей клинической стратификацией и передовыми биомаркерами, полученными из тех же наборов данных, VirTues показал превосходную производительность. Эти результаты позволяют предположить, что пространственные протеомные биомаркеры, гармонизированные фундаментальной моделью, могут улучшить отбор пациентов для иммунотерапии.
Что дальше
Авторы исследования предполагают, что VirTues может быть расширен на другие типы рака и методы визуализации. Остаётся неясным, как модель покажет себя на наборах данных с экстремальными различиями в панелях или в проспективных клинических испытаниях, где аннотирование в реальном времени может создать вычислительные трудности.
1 источник
Nature опубликовал модель Virtual Tissues, объединяющую данные пространственной протеомики разных масштабов
